以前，在某些情况下，澳大利亚人可以比加拿大人花费更少的钱购买处方药。但随着澳大利亚与美国签署新的自由贸易协定，澳大利亚人在购买处方药方面的福利将受到影响。
　　2003年，经过共同磋商，澳大利亚政府决定，在“药品福利计划”（PBS）中以37亿美元的低廉定价供应国内药品需求。该计划受到了世界健康组织的热烈赞扬，并作为衡量其他国家健康计划的标准。
　　澳大利亚总理霍华德表示，在经过数周紧张激烈的磋商之后，经国会批准的澳美自由贸易协定不会影响到澳大利亚的“药品福利计划”。但是，部分评论家认为，澳美自由贸易协定很可能削弱整个澳大利亚制药业，而这种变化无论是对澳大利亚“药品福利计划”还是对澳大利亚医药产业在世界范围内的竞争者都是至关重要的。
　　澳大利亚国立大学法学院教授Peter　Drahos表示，一旦澳美自由贸易协定破坏了澳大利亚目前的医药福利体系，导致其停顿下来并成为一种固定的模式，那么，美国政府会更加充满自信地干涉其他国家的政策制定。一些国家将不得不重新考虑自己的“药品福利计划”。事实上，那将是一件非常困难的事情。按照Peter　Drahos教授的说法，一旦澳美自由贸易协定于2005年1月1日正式生效，那么，像马来西亚和泰国这样正在与美国磋商自由贸易协议的国家将会受到很大影响。
　　根据澳大利亚目前的日程表，任何新型药品的价格都将参考同类型的最便宜的药品的价格。如果新药的疗效不是特别突出，就将以相同底线的价格进行定价。按照惯例，疗效越高、副作用越小的药品，澳大利亚政府也愿意提供更多的补贴。在此情况下，当药品专利到期、更多的药品可供选择的时候，药品的价格也就随之下降。
　　但是，新的澳美自由贸易协定很可能放慢澳大利亚市场廉价药品的出现速度。因为根据协议，药品制造商必须通知该药品的专利所有人，正在将其专利用于市场销售。这一规定已经引起了澳大利亚业界的普遍关注。因为美国药品公司很可能利用该规定，调整相关药品以便延长其专利期。此外，澳美自由贸易协定还将为美国公司提供一种审查机制，可以对澳大利亚药品福利顾问委员会（PBAC）作出的相关决定（澳大利亚药品福利顾问委员会（PBAC）有权对所有经国家卫生部门批准上市的药品作全面的评价，以确定该药品是否应列入国家药品福利系统的报销范围）提出异议。
　　澳大利亚药品福利顾问委员会的前任官员David　Henry表示，制药企业都希望其药品能以高价出售，即使该药品没有十分明显的疗效。
　　澳大利亚纽卡斯尔大学的临床药理学教授Henry表示，实际上，对某种药品说“不”是一件非常困难的事情。因为制药企业通常会将专业医生引入该事件中来，而医生往往是与厂家的立场一致。此外，由制药厂聘请的公关公司也会制造各种新闻舆论，甚至会动用政治的力量来施加压力。
　　美国亚利桑那州的参议员Sen.　Jon　Kyl　（R）在访问澳大利亚期间就曾向澳大利亚人传达了态度强硬的信息，“这世界上没有任何免费的午餐。某些人必须承担那些特效药品的研发费用。如果我们支付的仅仅是边际成本－－生产100万药丸的成本，那么这将不足以回报医药公司在研发药品过程中的投资。事实上，许多药品制造商已经认为澳大利亚没有为他们生产的药品支付公平的份额。”
　　在澳大利亚，药品价格上涨非常不受欢迎，尤其是在选举年，澳大利亚政府已经明确否认了澳美自由贸易协定会对现有的医药计划造成负面影响。
　　澳大利亚墨尔本迪肯大学药理学家Brendan　Grabau表示，“总理已经担保，药品价格不会进一步上涨。而且，如果要提高处方药的价格，必须经过澳大利亚卫生部长（对于药品福利顾问委员会的建议有最终决定权）的批准。同时还必须得到澳大利亚议会参众两院的批准”。
　　澳大利亚反对党工党就曾表示，在其提出的两个修正案（其中之一就是为了保护澳大利亚“药品福利计划”，防止虚假专利品的扩散）被批准之前，是不会同意澳美自由贸易协定的。根据工党的修正案，医药公司在试图阻止廉价药品进入市场时，必须证明自己采取了正当的措施，没有滥用澳大利亚的专利法，否则，一旦澳大利亚政府证实其提供的信息是错误的，就将面临价值700万美元的罚款。
　　澳大利亚医药协会（AMA）副主席Mukesh　Haikerwal表示，“我们更希望‘药品福利计划’没有被包含在澳美自由贸易协定中，但现在的问题是，工党的修正案也只能在某些方面发挥作用，却无法完全阻止美国利用各种途径延长其药品的专利期，即所谓的‘常绿化’”。
　　澳大利亚政府预计，美澳自由贸易协定的签署将推动澳大利亚的经济迅速增长，并创造3万个工作岗位。但同时也对美国可能会发现该修正案与自由贸易协定不符表示担忧。对此，美国贸易代表佐立克在声明中表示，美国方面对澳大利亚提出将使用专利法对美国药品进行严格管理的做法表示怀疑。在这方面，澳方应当履行签订的自由贸易协定条款以及国家知识产权法中的规定。在2005年1月1日美澳自由贸易协定正式生效前，美方将保留评估澳大利亚该立法的权利。
　　此外，美国驻悉尼大使馆的新闻发言人表示，既然澳大利亚的立法是独立于自由贸易协定之外的，那么澳大利亚工党的修正案是不能对美国有任何限制作用的，除非该修正案是反驳美澳自由贸易协定的本质。
　　2004年9月27日，20名澳大利亚医药界专家和7个最高级医疗社会服务组织联名致函总理霍华德以及工党领袖莱瑟姆，要求在澳美自由贸易协定最终批准前作出修订。同时递交的还有一份26页的报告，分析澳美自由贸易协定将对澳大利亚药品公司享受药品福利计划的权利产生重大影响。此次行动的发起者主要包括澳大利亚公共医疗联合会、社会服务理事会以及380名来自各高级教育院所的学者。这些申请者要求对美澳自由贸易协定增加附加条款，以澄清文本中的模糊条款，保障“药品福利计划”基本框架的完整性不受破坏。
　　澳大利亚国立大学学者表示，虽然澳美两国政府表示自由贸易协定不会破坏“药品福利计划”，但并不能解释美方谈判代表“协定将带来变化”的论断。他认为，协定中第21条第2款允许美国企业对“药品福利计划”提出异议，将改变协定的根本性质。一旦药品成本上升，公民负担的医疗费用将不断提高，而政府又不能及时采取措施改变困境，民众的利益将因此受到损害。