2004年10月20日，欧盟委员会发布公告，批准2006～2008年度欧盟普惠制具体方案。该方案是基于欧盟委员会2004年7月发布的欧盟普惠制指导方针而提出的。欧盟委员会指出，普惠制是欧盟帮助发展中国家通过增加自身对欧盟出口摆脱贫困的重要工具。欧盟委员会计划在几个领域对其现行制度进行改进。具体包括：简化内容（从现在5个单独的优惠贸易安排减至3个）；扩大范围（使该制度覆盖更多产品）；瞄准重点（向最需要帮助的发展中国家提供优惠）；建立附加（增设普惠制附加以鼓励可持续发展）。该方案还将提交欧盟各成员国、欧洲议会和欧洲经济与社会委员会审议和批准以便2005年7月1日加以实施。
　　欧盟委员会主席普罗迪就提交的新普惠制草案发表评论指出：“目前，欧盟是世界上对发展中国家贸易优惠的最大提供者。我们比其他发达国家所提供贸易优惠的总和还要多。但欧盟还希望通过重点帮助最不发达国家进入欧盟市场的做法把事情做得更好。我很高兴看到欧盟新的普惠制计划的出台，同时欧盟还在普惠制附加计划中对发展中国家的可持续发展提供了相当规模的具体支持。”
　　欧盟委员会通过的普惠制方案具有以下特点：
　　一、简化内容：从过去的5项优惠贸易安排减至3项
　　1.一般普惠制安排（对敏感产品减税3.5%，对非敏感产品实行零关税）；
　　2.特殊普惠制安排：对世界50个最不发达国家的所有进口产品（除武器外）实行零关税；
　　3.新的普惠制附加安排：对符合可持续发展和良治管理标准的最不发达国家给予税收优惠（对7200种进口产品实行零关税）。通过双边贸易协议（如自由贸易区）获得进口优惠的国家由于它们已经得到进入欧盟市场的进口优惠因而将被从普惠制名单上取消。
　　二、新的普惠制鼓励可持续发展和良治管理
　　该草案将以普惠制附加取代以前的3项贸易优惠安排（药品、社会和环境安排）来为最不发达国家提供进口优惠（额度小于普惠制进口总额的1%）。这些国家须按接受社会、人权、环保和包括打击毒品犯罪在内的政府管理方面的国际惯例。
　　三、执行相对稳定
　　新的普惠制将在实施的3年时间期限内不作任何改动，其中包括“毕业条款”。根据过去普惠制的规定，欧盟每年都要对受惠国依据“毕业条款”进行审查，给受惠国的欧盟进口商都带来诸多不便。
　　四、扩大普惠制覆盖的产品范围
　　新的普惠制草案新增了300种进口产品。
　　五、清楚、便捷和公平的毕业程序
　　只有在某一个或几个国家某类产品在欧盟市场具有竞争力并且不再需要普惠制保护时，普惠制才会被取消。这种毕业制度将依据一个简单的标准：当某个国家的某类产品（按海关税则的类统计）超过普惠制所覆盖的同类产品过去连续3年欧盟进口额的15%，对纺织品而言为12.5%。“毕业条款”不是一种惩罚，而是普惠制得以成功执行的标志。也使得普惠制更有利于最不发达国家的发展。
　　六、原产地原则的使用将更为灵活
　　原产地原则的区域积累将允许区域性组织成员（如东盟和南亚区域合作联盟）更好地利用贸易优惠条款，从而进一步促进区域性合作。特别是区域积累的相关限制将通过取消增值标准来得以放宽。另外，在相关国家提出要求的情况下还将引入跨区域积累（例如南亚区域合作联盟国家从东盟国家进口的中间产品经加工后可以以本国为原产地向欧盟出口）
　　基于明确、透明和非歧视原则的普惠制附加安排完全符合世贸组织上诉机构就印度指控欧盟药品普惠制所作的裁决要求。世贸组织上诉机构要求欧盟在2005年7月1日前将其药品普惠制条款与世贸规则相一致。